כדי שארגון יוכל להוציא חשבונית ללקוח בגין עסקה, עליו לתקשר עם רשות המיסים באמצעות מערכת מקוונת, שדרכה יגיש בקשה לקבלת מספר הקצאה מיוחד לחשבונית, ובמידה והחשבונית הוצאה כדין, הרשות תקצה מספר שאיתו יוכל הלקוח להתקזז על סכום המע"מ המופיע בחשבונית.
הרגולציה חלה על כל העסקים המפיקים חשבוניות בתצורת B2B, כלומר, בין עסק אחד לאחר. עסקים נדרשים לבחון את אופן קליטת הנתונים במערכות, דיווח על בסיס מזומן, הוצאת חשבונית עסקה טרם הוצאת חשבוניות המס המתייחסות אליה, חשבוניות מס מיוחדות כגון חשבוניות מס עצמיות (למשל בגין יבוא שירותים מחו"ל), חשבוניות מס התחשבנות, הודעות זיכוי, חשבוניות מס בתוך איחוד עוסקים ועוד.
בנוסף, כל תרומה המזכה בניכוי מס לפי סעיף 46, וכן ביטול תרומה, תחויב בדיווח למערכת הדיגיטלית “תרומות ישראל".